給与から特別徴収される金額は、給与所得にかかる税額のみとなっております。また、公的年金からの特別徴収税額は、公的年金にかかる税額のみとなっております。
つまり、所得毎で税額を計算しているため、二重課税ではありません。
特別徴収については、以下リンクをご参照ください。